24年前（113年），當白熱化的“紅河之戰”即將重演持續千年的悲劇之時。突然降臨的神祕勢力以壓倒性的力量將雙方參戰部隊屠殺殆盡，人類軍團不得不退到“嘆息之淵”南方。大陸從此進入詭異的和平時期。137年，少年尼爾的家鄉約克鎮遭到神祕黑色蔓莎和血色怪物的襲擊，他和他的蒸汽機器人G堪堪逃過了追殺，成了僅存的倖存者而逃往聖文迪斯。
隔日，大批難民被恐懼驅趕，湧入聖文迪斯避難，卻紛紛長出黑色花朵後暴斃。數個小時內，黑色花朵彷彿瘟疫在城內蔓延，死者不斷增加，逃生的途徑都被神祕力量封死。尼爾也被捲入恐怖的漩渦中，不得不面對這個世界的殘酷與真實……
